Fernando Barroso da Silva: La recherche améliore notre compréhension des maladies et des interactions biomoléculaires

Lorsque vous tapez Fernando Barroso da Silva sur Google, les résultats sont liés à des collaborations avec des universités du monde entier pour promouvoir des partenariats scientifiques. Il est professeur associé à l'Université de São Paulo et titulaire d'un doctorat en chimie théorique. Il est fréquemment invité en tant que chercheur/professeur dans des universités aux États-Unis, comme la North Carolina State University  et dans le monde entier, en Suède, en France, en Pologne et en Irlande.  Il est expert en biophysique moléculaire et se concentre sur les interactions biomoléculaires, la virologie informatique et la science fondée sur les données.  

Dans le cadre du partenariat entre L’informatique pour l’humanité et l'Open Science Grid (OSG), nous avons eu l'occasion de rencontrer Fernando Barroso da Silva, un chercheur brésilien. Il a partagé des informations précieuses sur les travaux qu'il mène en utilisant les ressources fournies par l'OSG. Ses recherches portent sur le développement et l'application de méthodes de simulation à pH constant pour mieux comprendre les interactions biomoléculaires. Il s'intéresse plus particulièrement à l'élucidation des interactions complexes en jeu dans divers systèmes biomoléculaires, notamment ceux impliquant des anticorps. Ces systèmes présentent des défis intrigants en raison de leurs interfaces complexes, comme celles que l'on trouve dans les interactions anticorps-antigènes. « En nous appuyant sur des modèles informatiques, nous cherchons à élucider la physique sous-jacente à ces interactions et, surtout, à traduire cette compréhension en applications pratiques, telles que le développement d'anticorps thérapeutiques pour des maladies comme le COVID-19 et la dengue », explique-t-il.

Il démontre une utilisation pratique de la technique en rappelant les premiers jours de la pandémie COVID-19 en 2020. « À l'époque, l'un de nos principaux objectifs était d'identifier des cibles potentielles pour les vaccins et les traitements par anticorps. Pour ce faire, nous nous sommes appuyés sur une modélisation informatique basée sur les connaissances antérieures de virus similaires tels que le SARS-CoV. En analysant les informations disponibles sur les séquences et en simulant les interactions entre le virus et l'hôte, nous avons identifié des cibles d'intervention prometteuses. Par exemple, nous avons identifié le domaine de liaison au récepteur de la protéine spiculaire comme une cible viable pour le développement d'un vaccin. Cette approche informatique nous a permis de prendre des décisions rapides et éclairées, même en pleine pandémie, note le chercheur.

Même si ses recherches se concentrent actuellement sur le développement d'anticorps contre des virus tels que le SARS-CoV-2 et les flavivirus comme la dengue, les principes et les outils qu'il utilise sont applicables à un large éventail de systèmes biologiques.  « Notre recherche n'améliore pas seulement notre compréhension de maladies spécifiques, mais contribue également aux connaissances fondamentales sur les interactions biomoléculaires. Ces connaissances peuvent être exploitées pour diverses applications, de la conception de thérapies ciblées pour différentes maladies à l'ingénierie de biomatériaux aux propriétés spécifiques », explique M. Barroso da Silva.

Ces travaux s'appuient fortement sur les ressources informatiques, essentielles à son travail. « Sans l'accès à des ressources informatiques de haute performance telles que celles fournies par l'OSG et soutenues par des organisations telles que L’informatique pour l’humanité, nos recherches seraient fortement limitées. Ces ressources nous permettent d'effectuer des simulations complexes, d'explorer de nombreux scénarios et d'accélérer considérablement nos délais de recherche. En fait, plus nous disposons de puissance de calcul, plus nous pouvons avancer rapidement dans nos recherches », explique-t-il. L’informatique pour l’humanité offre des ressources et un soutien inestimables qui peuvent accélérer de manière significative vos efforts de recherche. Il ajoute: « Adoptez la collaboration, exploitez au maximum les ressources disponibles et n'hésitez jamais à suivre des approches novatrices. Ensemble, nous pouvons apporter des contributions significatives à la connaissance scientifique et au bien-être de la société ».

Sa passion pour la recherche remonte à son enfance, lorsqu'il était toujours curieux et désireux de comprendre comment les choses fonctionnaient. En grandissant, il a été attiré par les sciences et les technologies, bricolant souvent des ordinateurs et menant de petites expériences. Au fil du temps, cette curiosité s'est transformée en un désir de faire carrière dans la recherche. « Je trouve une immense satisfaction à percer les mystères du monde naturel et à contribuer aux progrès de la connaissance et de la technologie », explique-t-il.

Vouloir être à la pointe de la découverte est une constante dans la recherche scientifique, il adopte des approches innovantes et cherche des voies non conventionnelles. Par exemple, il explore d'autres hypothèses et tire parti de collaborations pour accéder à des ressources informatiques supplémentaires à l'échelle mondiale. En outre, l'existence d'un réseau de collaborations internationales, comme celui qu'il entretient avec des collègues suédois, offre de précieuses possibilités d'accéder à des compétences et des ressources diverses, ce qui améliore en fin de compte les résultats de la recherche.

Bien qu'il soit actuellement engagé dans le monde universitaire, il reste ouvert aux opportunités qui se présentent à lui, tant dans le monde universitaire que dans le secteur privé. En définitive, sa priorité est de continuer à mener des recherches importantes là où il peut apporter les contributions les plus significatives et poursuivre sa passion pour l'exploration scientifique.

* L'interview contient des hyperliens vers quatre documents réalisés par Barroso da Silva à l'aide des ressources de l'OSG.